Viernes 26 de febrero del 2010

Estructura tercearia

De alguna manera es la forma en la que la proteína se acomoda en forma 3D en el espacio.

Para defenir a la estructura podría decirse que es un conjunto de estructuras secundarias, en donde se pueden distigir los deferentes dominios por ejemplo la cantidad de hoja BETA.

Para la formación de esta dependen mucho los siguientes factores:

· Puentes de hidrogeno.

· Puente de disolfuro.

· Y la cantidad de cisteinas que presente la cadena como tal de aminoácidos, pues eso hara que la forma de la proteína cambie totalmente.

Estructura cuaternaria.

Es preciso decir que no todas la proteínas tienen estructura cuaternaria.

La estructura cuaternaria es un multímero ,está formada por dos o mas estucturas tercearias unidas entre si por medio de enlaces disulfuro.

La estructura cuaternaria es muy especializada pues la unión de los diferentes tipos de estructuras tercearias provocan que cambien las propiedades de la proteína y que sus funciones sean mas específicas; como por ejemplo tenemos a la hemoglobina,que es un tipo de estructura cauternaria, pues está formada por grupos hemo. Proteína que es si no una de las mas importantes para la supervivencia del ser humano.

Desnaturalización

Se le denomina asi cuando la proteína es capaz de modificar o bien cambiar su estructura tercearia.

Este proceso puede ser en algunos casos reversible como por ejemplo cuando un cabello rizado es sometido al calor los puentes de disolfuro tieden a romperse y esto provoca que el cabello se alarge y se alise.

O bien en otros casos como el huevo es imposible que regrese a su forma original.

Lo que sucede en este proceso es que se ven afectados los puentes de disolfuro y lo inducen los siguientes factores:

· Temperatura, que es el factor número uno para la propiciación de la desnaturalización.

· Y pH.

Enzimas.

si recordamos un poco se menciono la clase anterior que una de las funciones principaes de las proteinas era que actuar como enzimas entonces, podemos inferir que casi el 100% de éstas provienen de naturaleza proteíca y funcionan especificaamente como un catalizador biológico es decir, se encargan de mejorar el remdimiento de una reacción ya sea positiva o negativamente.

Entonces existen dos tipos fundamentales:

· Catalizadores positivos: molécula que acelera una reacción.

· Catalizadores negativos: molécula que enlentece una reacción.

Existen otras sustancias que no son presisamente enzimas pero de igual manera unas benefician la reaacción y otras se encargan destruir el proposito final de la reacción, hablamos entonces de:

· Promotores: ayudan a la enzima a que la reacción se favoresca aun mas.

· Venenos catalícos o de reacción: son los que obstruyen la acción de la enzima.

Jomayra Galicia

Jueves 25 de febrero del 2010

Péptidos y proteínas

Primero que nada tenemos que definir bien lo que es un péptido, es la unión de uno o más aminoácidos, unidos por un enlace peptidico. Estos se unen por sus extremidades por grupo carboxilo de un aminoácido y por el otro lado con el grupo amino del otro aminoácido estos así unidos forman un enlace peptídico. Este enlace se puede decir que solo pasa en aminoácidos, es un tipo de enlace de condensación o deshidratación (es decir que tenia agua y la perdió).

Puntos importantes sobre los enlaces péptidos:

· Se forma deshidratando la molécula de un grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino del otro aminoácido.

· Se mantiene el grupo carboxilo y amino, tiene la capacidad de volver a formar un enlace peptídico.

· Los extremos de la molécula donde se encuentra el COOH se llama carboxilo terminal y donde se encuentra el NH2 amino terminal.

· Estos son las bases de las proteínas, ya que las proteínas están formadas por más de 100 aminoácidos.

Aquí muestro perfectamente cómo es que se deshidrata, tomando del grupo amino un hidrogeno y de otro aminoácido del grupo carboxilo toma un oxigeno y un hidrogeno, teniendo como resultado una molécula de agua.

Aqui se muestra como es queda finalmente el enlace peptidico mediante dos aminoacidos es el que esta enmarcado con verde , y en los laterales enmarcado con negro presento al lado izquierdo el carboxilo terminal y del lado derecho el amino terminal. Y siempre siguen una secuencia C-ALFA-N-C-ALFA-N

Luego vimos lo que es hidrólisis que es un proceso mediante el cual rompe un enlace peptidico por medio de una molecula de H20 y tiene como condicion el tener un pH bajo porque los Hidrogeniones son altamente reactivos y suficiente H20.

Ahora si ya que sabemos como se forman las proteinas, veremos comoson sus clasificaciones y para esto existen 3 criterios.

v Tamaño: (que tantos aminoacidos componen la proteina)
1. Oligopeptidos: son pocos, su rango es de 10 - 2 aminoacidos.
2. Polipeptidos: son de 10 – 100 aminoacidos.
3. Proteinas: son mas de 100.

Sin embardo varian de acuerdo a los autores no esta mal, ya que cada uno de ellos presenta sus fundamentos para definir el rango de esta clasificacion.

v Composicion quimica:
1. Simples: son las que estan formadas por puros aminoacidos
2. Conjugadas: son aminoacidos pero puede tener otros radicales u otro gpo funcional y a eso se le llama grupo prostetico, entonces para tener una proteina conjugada, se debe tener un grupo postetico, este puede tener diferentes funciones depende de la proteina que tengamos.
v Forma:
1. Fibrosas: en forma de fribra, como cadena lineal o como un hilo. No son solubles en H20 porque sus grupos radicales estan revueltos y algunos son repulsivos en agua y otros no, entonces como toda la proteina por decirse asi no se puso de acuerdo porque hay mitad repulsivas al agua y otras hidrofilicas se ponen en no solubles. Un ejemplo claro podria ser el que nos dijo el maestro el cabello que se te cae naturalmente en el baño se tapa, porque? Porque el pelo esta formado por fibra y es por eso que no tiene ningun tipo de relacion entre ellos.
2. Globulares: estos son solubles en agua, los grupos polares quedan hacia afuera de modo que el agua se une con lo primero que ve y las no polares adentro de la proteina. Un ejemplo serian algunas funciones biologicas como los anticuerpos y hormonas.
3. Mixta: como su nombre lo dice tiene caracteristicas mezcladas, y se podria decir que hay mixtan mas o menos solubles que otras.

Funciones: Existen diferentes funciones que puede tromar la proteina

1. Estructural: que sirven como sosten.
2. Enzimas.
3. Moleculas de transporte.
4. Hormonas: dijo el profe que no son comunes pero que si las hay, y que las otras son lipidicas.
5. Inmunologia: anticuerpos.
6. Funcion contractil.
7. Señalizacion.
v Estructuras
1. Primaria: este se refiere a la secuencia de los aminoacidos. (orden en que se encuentran).
2. Secundaria: es la forma que tiene una secuencia pequeña o seccion de un aminoacidos, estos dependen de los puentes de Hidrogeno, cada 4 helice alfa de aminoacidos hace un puente de hidrogeno.
Hoja beta: forman puentes de hidrogeno con cadenas seguidas en forma de una hoja doblada similando a un acordeon, esta es muy resistente un ejemplo seria la tela de seda.
Las Hoja beta y Helice alfa pueden representarse en cadenas paralelas moleculas que van en el mismo sentido y antiparalelas que van por sentido contrario.

Puente disulfuro
requiere de 2 sulfuros, estos son enlaces mas fuertes al contrario que el puente de hidrogeno.

Puentes de hidrogeno

Es muy importante para la estructura secundaria, estas se unen porque pueden unirse mas no son un enlace es una atraccion de H y O.

Patricia Dominguez

Jueves 18 de febrero del 2010

(LA ULTIMA GRAFICA ESTA ANIMADA, DENLE CLIC PARA VERLA.)

En la clase del 18 de febrero el profesor nos empezó explicando tema nuevo que son biomoléculas lo primero que vimos fueron los polímeros, se producen por la unión de cientos de miles de moléculas pequeñas denominadas monómeros que forman enormes cadenas de las formas más diversas. Algunas parecen fideos, otras tienen ramificaciones.

Después vimos lo que son proteínas: El nombre proteína proviene de la palabra griega πρώτα ("prota"), que significa "lo primero" o del dios Proteo, por la cantidad de formas que pueden tomar.

Son grandes moléculas formadas por la unión de varios aminoácidos. El profesor nos dijo que las proteínas cumplen una función esencial en el organismo de los seres vivos, pues están involucradas en todos los procesos biológicos que ocurren en el cuerpo y que todos los aminoácidos tienen algo en común que siempre tendrán un carbono en su cadena, Un grupo carboxilo y un grupo amino.

Todos los aminoácidos presentan un carbono asimétrico (excepto glicina) por lo cual presentan isómeros. Si el amino está a la derecha se denomina D, si está a la izquierda L. en los seres humanos solo se utiliza L, casi no se utiliza D.

La D se considera como aminoácido libre y para formar estructuras se utiliza solo la L.

Después vimos lo que es pH (potencial de hidrogeniones) La escala del pH mide qué tan ácida o básica es una sustancia. Que cuando el pH es bajo – es alto H, cuando pH es neutro – 7, cuando el pH es alto – bajo H, hablamos de lo que catiónica, aniónica y zwitterion (ion hibrido).

Catión: este en su NH3 tiene tantos hidrógenos que nunca tiene espacio para más es muy acido

Zwitterion: siempre hay un espacio libre, tanto da como recibe.

Aniónica: esto sucede cuando no hay hidrógenos de donde agarrar.

Esto solo sucede con el carboxilo y aminoácidos los otros no se mueven ni agarran Hidrógenos.

También vimos en la última clase lo que es la curva de titulación Se denomina titulación al procedimiento para determinar la concentración de un ácido o una base en solución, por medio de la adición de una base o un ácido de concentración conocida.

(Imagen 3)

Punto isoeléctrico: que todas las moléculas que tienes se encuentran zwitterion cuando haya menos hidrogeno.

pK: la mitad de las moléculas son zwitterion y la otra mitad en iones catión o anión, también se le llama pk acido( mas bajo) y pk básico( mas arriba).

Liliana Sandoval

Fernanda De La Cruz

Viernes 12 de febrero del 2010

Jueves 11 de febrero del 2010

Hoy 11 de Febrero tuvimos una revisión de la tarea que habíamos hecho, sobre los estereoisomeros que son los diasteróisomeros o diasterómeros.

Sabemos que los isomeros son cadenas con una configuración y que con ellas se pueden hacer diferentes conformaciones en base a esto podemos

decir que dos tipos de isómeros:

a) Geométricos:

Estos mismos se dividen en dos que es son los cis y trans.

Acerca sobre estos isómeros geométricos podemos decir que:

Siempre llevan un enlace doble es por eso que estos mismos no se pueden mover, es decir no puede cambiar de cis a trans o de trans a cis por si solos, aunque como

el profesor Ariel nos dijo en la química o física nunca podemos decir que jamás puede suceder, ya que también hay otros factores que puedan modificar cualquier cosa. En el caso de los isómeros cis y trans solo pueden ser modificados por otro factor que llegue hacer efecto en ellos.

Cis = Que los grupos funcionales están en el mismo plano.
Trans: Como la palabra lo dice esta transversalmente, es decir estan acomodados oblicuamente o bien diagonalmente.

Aquí les muestro un ejemplo de estos para que les quede claro y no haya ninguna duda sobre esto, también no sobra decirles que para asegurarnos de que este sea trans o cis podemos hacer la prueba como dijo el Prof. Ariel con una línea imaginaria por la mitad ya sea vertical u horizontal eso ya depende de la cadena con la que estemos tratando en este caso se tuvo que hacer vertical como ya lo vieron.

a)Esteroisomeros u ópticos:

Estos son isomeros tambien solo que estos difieren en la orientacion de sus atomos o bien que son como que desvian la luz

y se muestran como un tipo espejo, estos tambien tienen sus clasificaciones que son:

*Enantiómeros:

- Son isomeros con imagenes especulares una de otra.

- 1 carbono quiral (tiene un carbono, y sus radicales son diferentes).

- No son superponibles.

- Son especulares.

*Diasterómeros:

- 2 carbonos quirales.

- No son imágenes especulares.

COOH COOH
| |
H-C-OH HO-C-H
| |
H-C-OH H-C-OH
| |
COOH COOH

También vimos que los enantiómeros tienen una nomenclatura y son:

* + -

* D L

* S R

Sabemos que los primeros dos son los mas sencillos y que esos son los que usaremos, y que el tercero no será usado en nuestra materia solo el profesor no los dijo para tener conocimiento de esa nomenclatura (S R). Nos dijo que unos químicos hicieron una lista de menor a mayor importancia es decir, en el orden de prioridad
de los radicales (OH, NH3, COOH, CHO, CH2OH, CH3, H), si ves la molécula de forma en que se tiene ver para analizar, te darás cuenta que siempre tendrá una dirección de tal manera en que si va para la derecha será rictus o si va para la derecha será sinister.

Ya para finalizar con este resumen, y para empezar con nuestro temario.

Primero que nada quiero dejar muy claro que es calor y que es temperatura, calor es la energía en tránsito y la temperatura es la medida indirecta del calor. Como el calor es la energía en tránsito, diremos que la termodinámica es una rama de la física que estudia la circulación de la energía y relación entre la energía y el movimiento.

Existen unos principios de la T.D:

a) Primer principio de la termodinámica

b) Segundo principio de la termodinámica

c) Tercer principio de la termodinámica

d) Principio cero

Primer principio de la termodinámica: la materia ‘’No se crea ni se destruye solo se transforma’’, o también como que la energía es siempre constante, la energía es materia y la materia es energía solo que en diferente estado. Ej: E= mc^2

Segundo principio de la termodinámica: Que se basa en la Entropía.

Tercer principio de la termodinámica: dice que la temperatura extremadamente baja no se puede alcanzar o simplemente no puede existir porque las moléculas nunca dejaran de moverse.

Principio cero: este dice que si un objeto tiene equilibrio térmico y se junta con otro se le pega el mismo equilibrio térmico, en pocas palabras el ‘’equilibrio es contagioso’’.

Definiciones que hay que tomar en cuenta

· Entalpía: se refiere a la unidad de calor que contiene un cuerpo. Hay dos tipos de reacciones endotérmicas y exotérmicas que liberan energía para hacer una reacción.

· Energía de Gibbs: expresa la cantidad disponible de energía si mantienes una temperatura y una presión constante. Hay dos tipos de reacciones endergónicas que son las que absorben energía para poder realizar un trabajo y las exergónica que da energía para que se haga un trabajo.

· Entropía: es la medida del desorden, ej.: mi cuarto tiene un nivel alto de entropía.

Patricia Dominguez

Viernes 5 de febrero del 2010

El viernes 5 de Febrero vimos de una manera muy didácticas los fundamentos quimícos, que son las partes no vivas como las moleculas, proteinas etc. Quedo claro que no solamente estudiaremos las cosas grandes vivas, es decir las cosas que se pueden percibir a simple vista, si no que tambien miraremos de manera muy detallada las cosas que se tienen que ver con microoscopio o simplemente los que tenemos que ver con nuestra imaginacion.
Casi siempre nos imaginamos las cadenas de manera lineal, pero no de ahora en adelante tenemos que verlas o imaginarlas tridimensionales, ya que asi estan formadas en la realidad y de esa manera se pueden juntar con otros atomos y asi cambiar su conformacion. Hablando de conformacion nos enseño cual es la diferencia entre configuracion y conformacion. Configuracion es de que esta hecha la molecula, y conformacion es como esta formada. En lo personal me las aprendi de una manera de acuerdo a la realidad como por ejemplo:
conformacion: formados, escolta.
configuracion: figuras que dicen de que esta hecho.
(Yase es una manera bien tonta, pero asi se me quedo y asi me acuerdo alomejor tambien a ustedes les ayude).
Tambien vimos lo que son los isómeros que son de configuracion igual, pero su conformacion cambia. ( asi como le hicímos en el salon).
Las biomoleculas (C,H,O,N,P,K,S,Mg,Na,Fe).
tienen cararteristicas que las definen como:

• Forman al ser vivo y son formadas por el ser vivo. Es decir que las biomoleclas necesitan a alguien que las hagan como por ejemplo el ser humano que va de generacion en generacion que no pudo ser hecho solo.
• Infinidad de moleculas en los seres humanos como el carbono.

El carbono se puede unir con el mismo y eso hace que puede hacer cadenas muy cortas como muy largas.
Los enlaces sencillos se pueden rotar y tienen forma tridimensional, y los enlaces dobles no pueden moverse y son planas.

Patricia Dominguez

Jueves 4 de febrero del 2010

Sr. Blog:

Le digo señor por que apenas nos estamos conociendo y no quiero caer en faltas de respeto. Permitame comentarle que el día de hoy fue el primer día que conocí a mi profesor de bioquímica; se llama Ariel Rodrigo Villaseñor García, es biólogo y es su primera vez enseñando en universidad. Nos entrego el temario y se reviso punto por punto; ya una vez revisado firmamos una hoja de acuerdo. También vimos como punto importante el modo en que se debes de realizar la bibliografía, sobre como el plagio esta prohibido y de la manera correcta de citar la información que se saque de wikipedia.Luego de esto pasamos a realizar un ejercicio del cual aprendimos a escoger y analizar mas detalladamente la información que encontremos en internet, comentamos como el uso de información que es o parece de tipo técnico pueden llegar a confundir e indunfir miedo por falta de conocimiento. En la parte social todos nos presentamos al grupo diciendo nuestro nombre, como nos gusta que nos llamen y un dato curioso o algo que haga sencillo el que nos recuerden. Para finalizar el primer bloque cerramos haciéndole 4 preguntas al profesor para que así lo conociéramos mejor.

En el segundo bloque pasamos a analizar lo que son las famosas "cadenas informáticas", vimos que hay diferentes tipos de ellas y que siempre debemos realizar un análisis de la información que estas nos presentan antes de que aceptemos sus premisas. Ya concentrándonos un poco mas en la materia vimos lo que son los virus; contienen ADN mientras que los retrovirus contienen ARN y ambos también están formados por diferentes tipos de proteínas, son sensibles al calor y al PH (un cambio brusco en esto logra que las proteínas se desnaturalizen). Realizamos una actividad en la cual se dividió el grupo en equipos y cada quien buscó argumentos para explicar si la roca, Virus y Girasol son seres vivos o muertos (para presentar nuestros resultados tuvimos que exponer al grupo sin hablar). Se concluyo que la piedra no es vivo, el girasol es vivo y por los virus hay una discusión y realmente no se ha estipulado que son ya que algunos procesos propios de los organismos vivos pero a su vez carecen de varias características de ellos. Para cerrar este bloque vimos las características de los seres vivos entre las cuales tenemos:

Están formados por células

Son estructuras complejas, organizadas y que pueden autoensamblarse

Extraen, procesan y producen energía (metabolismo)

Tienen un ciclo de vida

Responden al ambiente (homeostasis) y,

Contienen ácidos nucleicos.

Así que al parecer el primer día estuvo lleno de información interesante. Espero que mi charla no lo haya aburrido Sr. Blog y mañana lo veo para escribirle acerca de mi clase.

Kerem Atsugui Pastor